Reformaci prowincji wielkopolskiej p.w. Św. Antoniego przybyli do Włocławka w 1625 r., zaproszeni przez bpa Andrzeja Lipskiego i osadzeni przy istniejącym kościele p.w. Św. Stanisława, położonym nad Wisłą, w pobliżu katedry. Z powodu niebezpieczeństwa powodzi oraz szczupłości miejsca w roku 1644 przenieśli się do wybudowanego dla nich klasztoru i kościoła p.w. Wszystkich Świętych. Budowa włocławskiego zespołu klasztornego Ojców Franciszkanów rozpoczęła się w 1639 roku i trwała do 1644 roku. Budowę sfinansowała fundacja mieszczan włocławskich Wojciecha Romanowskiego i jego żony Doroty z Rogalińskich.
   Był to początkowo jednonawowy kościół razem z prezbiterium. Od strony południowej dobudowano prostokąt zabudowań klasztornych z wirydarzem. Do strony północnej nawy w 1650 roku dobudowano kaplicę pod wezwaniem świętej Marii Magdaleny. Kolejną kaplicę, pod wezwaniem Matki Boskiej, wybudowano w 1842 roku. Zaprojektował ją architekt Kępiński. W latach 1655 i 1769 kościół był niszczony, a w późniejszych latach odbudowywany. W latach 1912-13 wyburzono ściany dzielące kaplicę i dobudowano do nich dwa przęsła, tworząc wraz z kaplicami nową nawę boczną wzdłuż nawy i prezbiterium.
   W roku 1768 kościół otrzymał jednolite snycerskie wyposażenie wnętrza. We wnętrzu kościoła warto zwrócić uwagę na ambonę z rzeźbą Chrystusa Ukrzyżowanego, która datowana jest na 1768 rok. W świątyni znajdują się również dwa konfesjonały późnobarokowe z końca XVIII wieku.
   Razem z kościołem kilkukrotnie przebudowywano również klasztor, między innymi w latach 1735 i 1795, kiedy rozbudowano zabudowania i dobudowano piętro. Przy kościele istniał kiedyś cmentarz otoczony murem. Zlikwidowano go w latach 1912-1913. Mur, który pozostał, obecnie ogranicza duży dziedziniec przykościelny. W murze można zauważyć trzy ozdobne bramy i furtę. W roku 1769 na dziedzińcu przykościelnym postawiono rokokową figurę Najświętszej Marii Panny Niepokalanie Poczętej. Ufundowali ją wdzięczni szlachcice z Kujaw, którzy oddali do klasztoru do przechowania swój dobytek, aby go uratować w czasie pościgu wojsk rosyjskich za konfederatami barskimi. W narożniku znajduje się pomnik ku czci Harcerzy z Szarych Szeregów.
   W kościele znajduje się obraz Matki Bożej Łaskawej. Kult Cudownego Obrazu sięga XVII wieku. Obraz ten, namalowany na płótnie, przedstawiał postać Matki Bożej w srebrnej sukience ze złotymi ozdobami i jako już słynący łaskami został podarowany kościołowi zakonnemu przez Rocha Piaseckiego - ekonoma dóbr Święte, należących do Włocławskiej Kapituły Katedralnej. Początkowo obraz zawieszono w kaplicy zakonnej, ale na prośbę wiernych przeniesiono go do ołtarza w specjalnie zabudowanej kaplicy. Od ponad 200 lat łaskami słynący Obraz jest otaczany szczególną czcią w kościele klasztornym p.w. Wszystkich Świętych we Włocławku. W 2009 r. kościół Wszystkich Świętych we Włocławku został ustanowiony Sanktuarium Matki Bożej Łaskawej Niezawodnej Nadziei.